勞動爭議在仲裁階段適用仲裁時效，在訴訟階段適用普通民事訴訟時效。 《勞動爭議調(diào)解仲裁法》第27條規(guī)定： “勞動爭議申請仲裁的時效期間為一年”，《民法通則》第135條規(guī)定： “向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為二年，法律另有規(guī)定的除外”。二者表面上似乎只是時間長短的差異，其背后卻隱藏著很大的制度沖突和張力。
時效，是指一定的事實狀態(tài)經(jīng)過法定期間，從而產(chǎn)生特定法律后果的事件性法律事實。時效涉及公益，屬于強行性規(guī)定，不得約定延長或縮短；也不得預先放棄時效利益，但可以在時效屆滿后以明示或默示的方法拋棄時效利益。時效一般有取得時效與消滅時效之分。消滅時效是指請求權持續(xù)不行使經(jīng)過法定期間導致一定法律后果的事件性法律事實。消滅時效具有雙重性質(zhì)：一是實體屬性，涉及時效利益，即法律實際保護的權利期限，可稱為保護時效，主要有勝訴權消滅說 （時效經(jīng)過后權利人的勝訴權消滅）和抗辯權發(fā)生說 （時效經(jīng)過后義務人抗辯權發(fā)生，權利人仍然具有起訴權，而且如果義務人不行使抗辯權、權利人在原則上具有勝訴權和法律性實體權利；義務人行使了抗辯權，權利人就喪失勝訴權，但仍具有自然性民事實體權利）等類型；二是程序?qū)傩裕婕皩徟袡C構(gòu)或仲裁機構(gòu)在程序上是否受理、是否可以主動查明或援引、舉證責任分配等程序性問題，可稱為程序時效，主要有職權主動說 （包括時效經(jīng)過后法院或仲裁機構(gòu)依職權不予受理的起訴權消滅說和受理后依職權主動審查 “判決駁回請求”的職權查明說）與被動中立說 （法院或仲裁機構(gòu)不得依職權釋明或主動援引時效，而是被動地聽取雙方的質(zhì)證抗辯、居中裁判）等類型；兩種屬性，以實體意義為主。
由于消滅時效的雙重屬性，法律上的消滅時效制度主要起到三方面作用：一是維護社會秩序穩(wěn)定等公共利益。時效通過防止 “復舊”而建立新的法律秩序 （原權利在法律意義上消滅），從而維護了繼續(xù)存在的舊的事實秩序 （長期未行使請求權的事實狀態(tài)）。二是督促權利人及時行使權利， “法律保護勤勉者，不保護懶惰者”，從社會秩序和穩(wěn)定出發(fā)長期不行使的權利不再值得勝訴保護，以公益的名義犧牲原權利人的私益，由此來督促權利人盡快行使權利、維護效率和穩(wěn)定。三是避免義務人舉證困難。因為時間久遠，義務人舉出對自己有利的免責事由極其困難，且一些用人單位專屬舉證責任的證據(jù)材料也會因超過法定保存時間而銷毀，由此而使其承擔不利后果殊為不公。時效就是要使義務人免除這些舉證責任、避免舉證困難的煩惱。
仲裁時效和訴訟時效都屬于消滅時效。消滅時效一般都在實體法里規(guī)定，也有個別在程序法中規(guī)定。勞動爭議仲裁時效盡管規(guī)定在調(diào)解仲裁法這部程序法里，也具有消滅時效的雙重屬性。在程序意義上，從 《勞動爭議調(diào)解仲裁法》第30條第4款的規(guī)定 “勞動關系終止的，應當自勞動關系終止之日起一年內(nèi)提出”以及 《勞動人事爭議仲裁辦案規(guī)則》第30條第3項規(guī)定的受理條件 “在申請仲裁的法定時效期間內(nèi)”可以看出，立法者采取了超時效不受理的起訴權消滅說，程序意義上的仲裁時效成了受理時效。在實體意義上，起訴權的消滅意味著勝訴權的消滅，時效利益直接喪失。實體上的勝訴權消滅說與程序上的起訴權消滅說一起構(gòu)筑了勞動爭議仲裁時效的訴權消滅性。
民事訴訟時效則規(guī)定在《民法通則》這一實體法中，也具有消滅時效的雙重性，但與仲裁時效的雙重性迥異。在實體意義上，從《最高人民法院關于審理民事案件適用訴訟時效制度若干問題的規(guī)定》第1條 “當事人可以對債權請求權提出訴訟時效抗辯”可以看出，民事訴訟時效采取抗辯權發(fā)生說；在程序意義上，從《最高人民法院關于審理民事案件適用訴訟時效制度若干問題的規(guī)定》第3條規(guī)定的“當事人未提出訴訟時效抗辯，人民法院不應對訴訟時效問題進行釋明及主動適用訴訟時效的規(guī)定進行裁判”可以認定，民事訴訟時效采取被動中立說。
由上可見，勞動爭議仲裁時效與民事訴訟時效存在很大沖突。一是實體意義上，勞動爭議仲裁時效義務人直接被動取得時效利益，民事訴訟時效義務人要間接主動取得時效利益。二是程序意義上，若超過時效仲裁機構(gòu)依職權不予受理，法院必須受理且不得主動援引時效抗辯。三是普通時效期間上，勞動爭議仲裁時效為1年，民事訴訟時效為兩年，在程序上造成超過1年未滿兩年時效的勞動爭議仲裁機構(gòu)不受理、法院必須受理，在實體上造成仲裁機構(gòu)保護1年的權益，法院保護兩年的權益。四是特殊時效期間上， 《勞動爭議調(diào)解仲裁法》有關拖欠勞動報酬爭議特殊時效期間的規(guī)定，民事訴訟時效則沒有這一特殊時效規(guī)定，導致拖欠報酬勞動爭議在仲裁機構(gòu)可以無限期保護、在法院則只保護兩年。
上述勞動爭議仲裁時效與訴訟時效的種種矛盾和沖突，從根本上是由于時效制度不僅僅是程序法上的單純期間，而是涉及時效利益的實體性問題。在民事訴訟時效的性質(zhì)上，立法者語焉不詳，司法者則經(jīng)歷了從勝訴權消滅說和職權查明說到抗辯權發(fā)生說和被動中立說的探索與轉(zhuǎn)變；在民商事仲裁時效上，立法者規(guī)定仲裁時效與訴訟時效同一；但是，在勞動爭議仲裁時效的性質(zhì)上，立法者卻直接規(guī)定了仲裁時效的勝訴權消滅說和起訴權消滅說，在一裁兩審的框架下直接造成了仲裁時效與訴訟時效的矛盾和沖突。
勞動爭議仲裁時效與普通民事訴訟時效并非 “一般與特殊”的關系，所以不能以 “特殊優(yōu)于一般”的法律適用規(guī)則來要求法院在訴訟裁判中直接適用仲裁的時效制度。解決兩者之間的沖突、實現(xiàn)兩者的銜接一致，從根本的制度設計上應該與民商事仲裁時效的規(guī)定一樣，確立勞動爭議仲裁時效與民事訴訟時效的完全同一。在現(xiàn)行法律框架下的權宜操作上，仲裁機構(gòu)的普通受理時效 （程序時效）1年、保護時效兩年，勞動關系存續(xù)期間的拖欠勞動報酬爭議則不受受理時效和保護時效限制，勞動關系終止的拖欠勞動報酬爭議受理時效1年、保護時效則不受限制；法院對于一切勞動爭議都應受理、不審查具體時效性，若義務人提出時效抗辯則只保護兩年，若義務人不提出時效抗辯則不受兩年保護時效限制，且勞動關系存續(xù)期間的拖欠勞動報酬爭議的義務人不得援引時效抗辯、勞動關系終止的拖欠勞動報酬爭議可以援引1年時效抗辯。（楊廣）
